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至2009年9月，中国农业科学院柑桔研究所有3个二级学科博士点，9个二级学科硕士点，2个博士后流动站。

博士学1位授权点(3个):植物病理学(二级学科)、果树学(二级学科)、农产品加工与贮藏工程(二级学科)

硕士学1位授权点(9个):植物病理学(二级学科)、作物遗传育种学(二级学科)、作物种质资源学(二级学科)、果树学(二级学科)、农产品加工与贮藏工程(二级学科)、土壤学(二级学科)、微生物学(二级学科)、植物学(二级学科)、细胞生物学(二级学科)

博士后流动站(2个):园艺学博士后流动站、植物保护博士后流动站

中国农业科学院柑桔研究所所徽'天圆地方'，所徽反映中柑所人'壹志嘉树'，以推进柑桔科技进步、产业发展为立所根本之严谨风格和博大胸怀;核心的圆形简洁勾画出'柑桔'、形象反映出中柑所专注柑桔科研的行业特征;而围绕主体的弧线代表了科技，象征着中柑所人'修远求索'的治学态度，求真务实的科研精神;星形元素立意中柑所人志在建立一个'方圆'宇宙之间柑桔科研领域的一颗的明星，闪闪发光，惠泽全人类。在机井或提灌站供水的情况下，由于滴灌省水，比喷灌或地面灌溉减少了抽水量，因此也就减少了能量消耗和运行费用。

'壹志嘉树，修远求索'，分别选自中国历史1上一位伟大的爱国诗人屈原《橘颂》和《离骚》中的名句。这八个字是五十年来柑桔所人传承积淀下来的优良传统、精神风貌及办所理念的高度浓缩和凝炼提升，并与中国数千年博大精深的文化底蕴和人文精神相互交融辉映，寓意深远。喷灌技术机械化、自动化程度高，利用喷灌设备结合施肥和施药，能大大减少劳动用工。象征着中柑所人'修远求索'的治学态度，求真务实的科研精神;星形元素立意中柑所人志在建立一个'方圆'宇宙之间柑桔科研领域的一颗的明星，闪闪发光，惠泽全人类。