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与其他芯片制作技术相比较，微珠芯片具有如下优势:

(1) 密度高微珠芯片的点样密度是原位光合成法的16倍，喷点法的100倍，接触式点样的400倍。

(2)测试重复性好鉴 于超高密度的特点，微珠芯片中每个样品都能保证约30个重复，从而保证测试的高重复性、高重复串以及高可靠性。

(3)定制方便若需要在已完成的芯片中增加测试点或新基因，只要合成相应的微珠加入到微珠混合池中即可。

(四)基因芯片数据分析

基因芯片分析包括五个基本步骤:生物学问题、样品制备、生物化学反应、检测、数据模型分析。基因芯片数据分析包括两部分，数据可靠性分析和生物学意义分析。

微阵列芯片应用流程

1）制备靶点

从生物标本中提取核苷酸并进行标记；

（2）杂交

让靶点与芯片上的cDNA或寡核苷酸序列进行孵育；

（3）获取数据

扫描与探针杂交的靶点表现出来的信号强度

（4）数据分析

从大量数据中得出具有生物学意义的结论

微阵列芯片技术通过测定能够与探针杂交的mRNA的数量，反映表达此mRNA的基因的转录情况，芯片的构建首先要根据研究的需要选择基因及相应的探针，其次是从标本中提取mRNA，并制备出靶点，然后将靶点加入芯片，进行孵育杂交、冲洗掉没有杂交的样品以及扫描等操作，得到原始数据，再将这些数据进行标准化和统计分析后得到结论，构造适当的微阵列芯片是开展后续研究的基础。

cDNA基因百度文库由PCR物质构成，为发夹结构构造，长短一般在百余至千余碱基对，因此芯片的混种杂交标准对每一个基因无法保证是好的，假阳性率比较高，因而，判断cDNA微阵列的后的结果时，必须对挑选出的基因开展测序。在应用cDNA微阵列开展研究时，一般需要提供一个对比样版，把与必须研究的样本给与不同类型的标识，将二者灯亮混匀一同引入芯片开展孵育。扫描仪后所得到的原始记录是每个表格中中网络信号的比例。