1.商标入股出资程序不同
两种出资方式均需要商标注册人与被投资企业达成一致意向后展开，需将商标注册人的商标权或独占使用许可验资计入注册资本中。
注册资本也叫法定资本，是公司制企业章程规定的全体股东或发起人认缴的出资额或认购的股本总额，并在公司登记机关依法登记。
因此，按照出资程序，以商标权出资需要商标注册人向商标局申请将商标权转让给被投资企业，经商标局核准后，自公告之日起商标权归属被投资企业，才意味着注册人完成出资。
而以商标使用权出资时，注册人与被投资企业签订的是商标独占使用许可协议，因此需要把协议向商标局备案。
商标权入股
规定股东可以用知识产权作价出资，商标权作为一种知识产权，自然是可以作价出资的。公司的股权颁布，公司经营和管理中是否存在一股东独大或者实际操纵公司。但需要注意的是，《公》还规定了：对作为出资的非货币财产应当评估作价，核实财产，不得高估或者低估作价。也就是说，商标权人需要找评估机构对商标进行价值评估，然后才能以评估的价值入股。商标权投资入股有两种情形：一是商标所有权入股；二是商标使用权入股。
商标评估的介绍。商标入股有两种情形：1，将商标权的使用权投资入股的，这种投资实际是以商标使用费形式参与入股企业经营活动的，在这种情况下商标注册人应当与被投资企业签订商标使用许可合同。随着人们对知识产权的重视程度越来越高，商标的隐形价值也越来越明显。在日常经济活动中涉及商标价值的情况越来越多。既然商标有其价值，同时商标又与普通商品不同，不能简单的给出其价格。因此，商标评估也成为必要的活动，而其中商标评估标准这个核心问题也备受重视。商标评估是根据特定目的，遵循公允、法定标准和规程，运用适当方法，对商标进行确认、计价和报告，为资产业务提供价值尺度的行为。
商标入股出资程序不同，注册资本也叫法定资本，是公司制企业章程规定的全体股东或发起人认缴的出资额或认购的股本总额，并在公司登记机关依法登记。商标入股的注意事项：在决定入股一个公司之前，需要弄清楚这家公司的管理机构的设置、财务状况、盈利状况、经营状况、税费的缴纳、对外负债。商标入股签订入股协议书时要清楚公司破产时偿债的优先次序；(一般支付先后顺序为1破产清理费用；2外有债务(各类借贷，特别是要先支付抵压的借贷)；3员工工资；4优先股；5普通股；6股东）。商标权评估有利于企业长远发展。在实际生活中，企业的股份制改造、合资、联营、兼并、拍卖、转让、资产抵1押等大量活动，都需要对商标权进行评估。