医院中常用的污水消毒方法主要有化学法与物理法，其中化学法中加氯消毒方法应用较为广泛，如、二氧化氯、漂、次等消毒剂。医院中采用加氯消毒工艺的原因在于其操作简便，对细菌等病原体的杀灭能起到较好的效果，但存在的局限性也不容忽视。
【灭杀病毒的效果较差】
通过传统加氯消毒工艺应用于医院污水消毒过程中分析，采用此工艺对许多如大肠菌群、沙门氏菌等菌群的去除率极高，而对病毒取出所达到的数量级。
尤其对肠道病毒进行灭杀时，由于其忍受力更强于肠道致病菌或大肠菌群，在通过次进行处理之后，仍可在排放的污水中检测出一定数量的病毒。因此，肠道致病菌或大肠菌群阴性无法确定病毒致病危险是否存在。
【消毒副产物对生态安全的影响】
如前文所提，一部分医院往往为保证实现良好的消毒效果，会投加过量的消毒剂，当余氯过高时便会使卤代烃含量逐渐增加，使其发生突变，威胁人体健康与生态环境，如消毒过程中使用过量的次可能生成AOX，对水源以及水生生物体会产生持久、潜在的毒性影响。
【受污水水质的影响较大】
污水中包含许多有机、无机污染物，对其进行消毒处理时，需使用大量的消毒剂，并且病原微生物与消毒剂的接触以及消毒剂实际的消毒效果都会受到一定的影响。另外，对污水系统处理是否稳定也使影响消毒效果的重要因素之一。
膜生物反应器的利用对水中氨氮去除可达90%以上，而且在抗冲击负荷能力方面有很大的优势。通常运行条件较为复杂时，相比活性污泥法，MBR去除有机物表现出很强的能力，出水水质较为良好且稳定，使污泥龄与水力停留时间实现完全分离。
另外，污泥混合液进行过滤过程中，因生物相沉积层在膜面作用下形成导致膜孔径缩小，采用MBR工艺可对病原微生物进行有效地截留，所以在去除病毒方面更具稳定性，这也就弥补了传统加氯消毒工艺的不足之处。
在后续消毒方面，相比活性污泥法处理工艺，MBR工艺也能使消毒剂得到很大的节约，在接触的短时间内便可实现微生物灭活的目标，所以对减少投资与接触设备的占地面积以及降低消毒工艺产生的相关费用具有很重要的意义。
在减少消毒副产品危害性方面，MBR能够保证卤代烃的生产量减少，若水中余氯消耗殆尽，卤代烃含量将不再发生变化。而且总卤代烃、一、等浓度都会降低，使其对环境及人体健康的持久、潜在危害得以减少。因此，MBR工艺的利用既可保证消毒剂用量的降低，也使消毒副产品对人体健康及生态环境带来的影响的减少，在医院污水处理中可充分利用。
MBR工艺在医院污水处理应用过程中，应考虑到医院对污水处理的实际特点与情况，同时需正确把握其工作原理，充分将去除污水污染物、节约消毒剂、降低消毒工工艺产生的费用、减少消毒剂残留与消毒副产物等优势发挥出来。这样才能为人体健康及生态环境带来更多的益处，也促进医院的健康、持续发展。
污水处理典型的工艺——生物脱氮除磷工艺(A/A/O)
污水首先进入厌氧池与回流污泥混合，在兼性厌氧发酵菌的作用下，废水中易生物降解的大分子有机物转化为聚磷菌可以吸收小分子有机物(如VFA)，并以PHB的形式贮存在体内，其所需的能量来自聚磷链的分解。随后，废水进入缺氧区，反硝化细菌利用废水中的有机基质对随回流混合液带入的NO3- 进行反硝化。
废水进入好氧池时，废水中有机物的浓度较低，聚磷菌主要是通过分解体内的PHB而获得能量，供细菌增殖，同时将周围环境中的溶解性磷吸收到体内，并以聚磷链的形式贮存起来，随后以剩余污泥的形式排出系统。系统中好氧区的有机物浓度较低，正有利于该区中自养硝化菌的生长。
厌氧、缺氧、好氧三种不同的环境条件和不同种类的微生物菌群的有机配合，能同时具有去除有机物、脱氮除磷的功能;工艺简单，水力停留时间较短;SVI一般小于100，不会发生污泥膨胀;污泥中磷含量高，一般为2.5%以上;厌氧-缺氧池只需轻缓搅拌，使之混合，而以不增加溶解氧为度;沉淀池要避免发生厌氧-缺氧状态，以避免聚磷菌释放磷而降低出水水质和反硝化产生N2而干扰沉淀;脱氮效果受混合液回流比大小的影响，除磷效果则受回流污泥中挟带DO和态氧的影响，因而脱氮除磷效果不可能提高。
农村污水治理技术
生态塘：
生态塘是从氧化塘发展而来的污水生态化处理技术，主要进行污水的二级深度处理。它是利用水体自然净化能力处理污水的天然或人工池塘，在太阳能作为初始能源的推动下，借助菌藻共生强化系统去除有机物，以水生植物和水产、水禽的形式作为资源回收，净化的污水也可作为再生水资源予以回收利用，实现污水处理资源化，是生态处理的发展方向。李旭东等采用藻类塘系统处理太湖地区农村生活污水，COD的平均去除率在70%以上，氨氮的平均去除率高达93%，磷的平均去除率为55%
稳定塘：
在缺水干旱地区，稳定塘工艺是实施污水资源化利用的有效方法。与传统的二级生物处理技术相比，藻类塘具有很多的性质，对于土地资源相对丰富，但技术水平相对落后的农村地区来说，是一种较具推广价值的污水处理技术。有实验研究显示，采用藻类塘系统处理太湖地区农村生活污水，CODcr的平均去除率70%以上，氨氮的平均去除率高达93%，磷的平均去除率为55%。该项技术已经成为近年来我国着力推广的一项技术。